La prima pietra della nuova Cattedrale fu posta il 25 marzo 1659 dal Vescovo di Comacchio Sigismondo Isei, ma venne consacrata solennemente solo nel 1740. Nel 1961 fu elevata a Basilica Minore da Papa Giovanni XXIII. La facciata è in mattoni, con alcuni particolari in pietra d'Istria. L'interno, ad unica navata, comprende dodici cappelle disposte lateralmente, all'interno delle quali si possono ammirare stupende tele di Biagio Bovi (XVIII sec) della scuola bolognese dei Carracci, il crocefisso in legno, del XVII sec., dello scultore ferrarese Germano Cignani e la scultura raffigurante Santa Lucia, di scuola veneziana (sec. XV).

Particolare è la scenografia offerta dall'abside, che ospita l'imponente altare settecentesco in marmo e la cinquecentesca statua lignea del martire Cassiano, protettore della città e dell'antica diocesi. Sopra la porta centrale d'ingresso trovano posto la Cantoria e l'Organo, costruito a Modena nel 1728 da Gian Domenico Traeri.

A fianco del Duomo sorge la Torre Campanaria, costruita una prima volta nel 1751 dal veneziano Giorgio Fossati e rovinata al suolo nel 1757. Venne ricostruita durante il secolo successivo ed ultimata nel 1868, priva del fastigio alla sommità e quindi ad altezza ridotta rispetto all'originaria, di cui rimane la poderosa base in pietra d'Istria. All'interno, a fianco della bussola, si può ammirare la tavola pittorica che presenta il modello originale della torre.

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La Basilica Concattedrale di San Cassiano Martire (Duomo di Comacchio) si trova in Via Mons. Gherardo Menegazzi, 3 - 44022 Comacchio (FE). Situata nel centro storico, è facilmente raggiungibile e sorge nei pressi dei principali canali